不过，即使有着上述优势，但方舟反应堆也不能说是完的聚变反应堆了。因为和依靠氢元素聚变产生能量的传统聚变反应堆不一样，依靠重金属聚变的方舟反应堆并不是清洁的能量源。因为钯备严重的毒，而治疗重金属中毒本来就是医学难题，托尼一开始直接把方舟反应堆安装在他的，想要避开钯中毒的伤害是不可能的（在阿富汗的爆炸袭击之中，他的血里残留了许多细小的弹片，必须有一个电磁铁时刻放在前，才能住弹片，不让其心脏，导致托尼丧命。而方舟反应堆就是给电磁铁供电的）。

再接下来，史塔克工业集团公开售的民用版方舟反应堆，也都是用了这新元素来代替钯。

是解决人类能源问题的主要选择。一公斤聚变原料产生的电能等同于一万一千吨煤。跟现有各类电站的裂变反应堆相比，聚变产生的废料更少，放也会在短期内消失，堪称是一绝妙的清洁能源。

但问题在于，相较于轻元素的聚变，类似金属钯这样的重元素，其聚变过程要更加复杂很多。光是反应中涉及的理和化学质变化的公式，就可以写满一块黑板。在实际制作和使用的过程中，还必须非常确地控制反应堆中的每个反应步骤，否则在燃堆后很可能直接爆炸。

聚变又分冷聚变和聚变两。后者的应用产品就是氢弹，前者却还一直于科学幻想里面，直到方舟反应堆的现——方舟反应堆的运行原理并不算复杂，只是一很早就有的冷聚变理论的实际应用成果而已。它和绝大多数正在试验中的聚变反应堆，都有着显著区别，主要现在反应机制上。

所以，在《钢铁侠2》的剧情前期，发现自己中毒程度已经很严重，估计活不了一年的托尼，一度自暴自弃，极其颓废，了许多荒唐的事情…但是，在王秋他们漫威世界之前，托尼就已经成功解决了这个问题——依靠他父亲霍华德。史塔克留下的线索，托尼天才地使用粒加速，创造了一安全无毒的新元素，用于代替会让他中毒的钯，从而让自己成功战胜了钯中毒的生命危机。

相反，现实世界行的氢元素反应堆，虽然火较为容易，却难以维持长时间的聚变反应。

然而，这新元素的发现和应用，对于钢铁侠托尼。史塔克来说当然是一个好消息，但对于想要对这些民用版方舟反应堆行逆向测绘，从而行山寨复制的现实世界中国科研人员来说，却无异于一个噩梦…

首先，方舟反应堆并非是利用元素周期表里的轻元素来实现聚变的。目前，全世界绝大多数的聚变试验，都是使用氢元素和它的两同位素“氘”和“氚”，作为堆的火燃料。在使用这些轻元素作为燃料时，聚变的火和控制都比较容易实现。在反应过程中也不会产生有害质，终端产是，属于一清洁的聚变方式，所以才会得到众多科研机构的青睐。方舟反应堆则反其而行之，它是一利用重元素聚变的反应堆，发明它的霍华德。史塔克是使用金属钯作为聚变心的燃料。因为这是已知的最重的几元素之一，相较于其他几铂系重元素，金属钯又是最容易电离化的，所以是比较理想的堆燃料。

而且，他还得当钢铁侠整天飞来飞去，惩恶扬善，对钯的消耗自然愈发厉害，而中毒的情况也更严重。

当然，如果完的解决了这些技术问题，那么方舟反应堆就是一款非常实用和可靠的能量源了。成熟的方舟反应堆在启动后，只需要极短的时间就能输大量的能量，并能维持堆的燃烧很长很长时间。